葬花少女。她们是从谜之生命体蕾吉奥的手中守护世界的最终兵器。人类被蕾吉奥大败的时代，人们居住在被称作蝶蛹的半球型防御工事(dome)中，同时在葬花少女的保护下生活着。
住在东京蝶蛹的高中生葛见在救助一场交通事故的途中被侵入蝶蛹（dome）的蕾吉奥袭击了。救下他的正是葬花少女队的领队，艾伊莉丝。
认同葛见的正义感的艾伊莉丝邀请他协助讨伐蕾吉奥。葛见虽然十分迷茫，但是为了守护青梅竹马的少女，春野，他毅然投身于战斗之中。他并不知道，残酷的命运正在前方等待着他
与美丽的最终兵器们共同迈向世界的真相。黑暗幻想小说在此开花！
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